A cidade de Indaiatuba teve como seu primeiro representante o Sport Club Primavera, fundado em 1908, mas extinto no ano seguinte. O tempo foi passando e, na década de 1920, dois outros times começaram a se destacar: o Indaiatubano Futebol Clube, fundado em 1916, e o Corinthians Futebol Clube, fundado em 1918. Decidiu-se então, em 27 de janeiro de 1927, pela união das duas equipes, o surgimento do Esporte Clube Primavera, cujo nome homenageava o time que iniciou o futebol no município. Já as cores que ostenta – vermelho, preto e branco – são herança de seus antecessores.
O Esporte Clube Primavera, na sua jornada, conquistou, em 1944, o título de campeão amador da 15ª região; classificando-se, nesse mesmo ano, em quarto lugar na classificação pelo Campeonato Amador do Interior; foi campeão da 4ª Região. Em 1949, conquistou o título de campeão da série “Carlos Rolim”, sagrando-se também campeão da 4ª Região. Conquistou 193 troféus em sua trajetória esportiva.
A primeira participação do Fantasma da Ituana (como é conhecido o clube) em competições profissionais organizadas pela Federação Paulista de Futebol (FPF) foi em 1952, no Campeonato Paulista da Segunda Divisão. Entretanto, sem conseguir manter uma sequência, o clube disputou apenas outras duas vezes a Terceira Divisão, em 1954 e 1958, passando por um período de pouco menos de duas décadas sem competir profissionalmente, até 1975.
Em 29 de junho de 1961, o Primavera inaugurou o seu estádio.
A retomada deu-se em 1976, no Campeonato Paulista da Segunda Divisão (atual Série A4). No ano seguinte, a equipe chegou ao seu primeiro título e, consequentemente, conseguiu o acesso à Primeira Divisão (atual Série A3). Em 1982, o Primavera ficou muito próximo do acesso a Primeira Divisão do Campeonato Paulista, quando empatou os três jogos contra o Mogi Mirim na final do Grupo Branco, quando precisava apenas de uma vitória para poder avançar a fase final do certame. O Fantasma disputou a atual Série A2 até 1987, quando após uma nova reformulação nas divisões acabou voltando para a Terceira Divisão, em 1988.
Em 1989 e 1990, o clube teve mais uma pausa em seu futebol profissional, retornando em 1991, na Segunda Divisão. O Primavera permaneceu no torneio até 1993, quando o campeonato trocou de nome mais uma vez e o time passou a disputar a Série B1. Em 1995, em meio a uma das maiores crises financeiras de sua história, o Fantasma não abaixou a cabeça e se tornou campeão da Série Bl-B. Porém, em 1996, a equipe se afastou mais uma vez das competições oficiais e no ano seguinte disputou a Série B1-B. Em 1998 voltou a se afastar do profissional pela última vez, quando retornou em 1999 para ficar ativo de vez até os dias de hoje.
No ano de 2001, o clube alcançou o título da Série B-2, conquistando o direito de participar do Campeonato Paulista da Série B-1 no ano seguinte. Dois anos mais tarde, o Primavera sagrou-se vice-campeão, alcançando o acesso à Série A3, competição que disputou nos três anos seguintes. Em 2004, o Fantasma ficou perto de voltar para a Série A2, se classificando para a fase final do campeonato, mas não conseguindo sucesso.
Após isso, o Tricolor Indaiatubano enfrentaria anos sofríveis pela frente: Em 2005 e 2006 escapou do rebaixamento no sufoco, mas em 2007 não escapou e acabou sendo rebaixado para a Segunda Divisão. Os dois anos seguintes foram considerados os piores da história, isso porque houve uma parceria com a Racing Santander, onde além de modificarem o escudo e cores do clube, resultaram em derrotas e goleadas sofridas no campeonato. Em 2010, após fim da parceria, o Primavera passou a caminhar com suas próprias pernas, e teve uma boa ressalva: A excelente campanha na Segunda Divisão quase rendeu o acesso de volta para a Série A3, impedido por crises interna.
Em 2013, novamente o Fantasma passou perto de voltar para a Série A3, sucubiu ao Tupã dentro de casa com um empate em 1 a 1. Mas em 2014, foi o ano da redenção Tricolor: Com uma campanha quase impecável o campeonato todo, o acesso foi conquistado apenas aos 50 minutos do 2° tempo contra o Grêmio Prudente. Em 2015, o Primavera fez uma boa campanha em sua volta a Série A3, o que quase lhe rendeu o acesso para a Série A2, e na sua primeira participação da Copa Paulista, o clube quase passou de fase, sendo eliminado pelo São Bento.
Em 2021, o Esporte Clube Primavera conquistou o acesso ao Campeonato Paulista da Série A2 após 34 anos distante. A última vez que o time de Indaiatuba tinha disputado a divisão de acesso à elite estadual foi em 1987. Na sua melhor campanha da história do torneio, o time superou o Votuporanguense na semifinal do Paulistão A3, por 1 a 0, em Votuporanga e chegou à final.
Em 2022 é aprovado o novo Escudo ECP. A Diretoria do Esporte Clube Primavera de Indaiatuba (ECP), após longo período de estudos e pesquisas (desde 2018) lança (Quarta-feira, 20 de dezembro de 2023) sua nova marca. O trabalho de construção da marca foi desenvolvido por Eduardo Pasquale Damiano, em colaboração com o Presidente Eliseu Aparecido Marques da Silva e com a aprovação dos Conselheiros do Clube.
Em 2022, o ex-jogador Deco, juntamente com o empresário Nenê Zini, adquiriram 90% da SAF (Sociedade Anônima do Futebol) do Esporte Clube Primavera. Os dois já investiam na equipe desde 2020 por meio do grupo gestor formado pelas suas respectivas empresas (BN Zini e D20 Sports).
Em 2025, o Primavera fez a maior campanha da sua história e alcançou o acesso inédito ao Paulistão. O jogo do acesso aconteceu em Indaiatuba, no dia 29 de março, com vitória primaverina por 2 a 1 (4 a 1 no agregado) em cima do Taubaté.
